防止和降低手術感染是手術室建設最基本的要求，感染控制的方法有：(1)通過術前備皮和術中對非手術區域的無菌覆蓋，減少患者自身感染；(2)對手術器具和物品的嚴格消毒或隔離，減少外源接觸感染；(3)降低空氣中的灰塵和微生物粒子，減少懸浮污染物的擴散感染；(4)使用抗生素。這是一種補救措施，其靠藥物去控制已發生的感染。

我國目前普遍存在的問題是，只注重預防感染結果，而忽略了對感染的全過程控制。臨床表現是依靠大量抗生素來減少術后感染率，而對手術無菌過程缺乏嚴格控制。

為減少抗生素的濫用，必須提高手術室潔凈水平，嚴格無菌操作和管理，加強對整個手術過程的控制，切斷所有可能的污染途徑(包括空氣)，阻止細菌接觸手術創口進入人體，這是當前醫院感染控制建設的發展方向。